直接はxoopsだが関係のありそうな話が。
「UTF-8運用Xoopsの検索で「テスト」の文字でヒットしない場合」
ttp://domifara.lolipop.jp/xo/modules/news/article.php?storyid=33
ttp://tmtm.org/mysql/japanese.html

うちのMySQLは3.23.58だったことを忘れてたorz。
でも試しに作り直してみるよ。