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標準入力を変数に変換している部分による。
同一の名称のフォームオブジェクトのデータを受け取りたいならその部分を修正しなければならない。
その部分のコードが読めるならなぜ一つしか受け取れないかもわかるはず。
なお、Perlで受け取る時点では「mail_to=a&mail_to=b」などの形で入っている。

ちなみに、こういう場合は同一名称のチェックボックスにならないように工夫する方が一般的。