呼び出された時の開始の仕方の違いから、
PHP(CGI) < perl < PHP(モジュール) < mod_perl の順に速いと言われている。
でも、そんなのは微々たるもので、処理内容を見直した方が速く・低負荷になる。

例えば、設定ファイルの読み込み。
ファイルの存在チェックして読み込んでデリミタで区切って変数に設定して....
とか無駄が多い。高速化・低負荷を考えるならソース内に決め打ちにしてしまえっ！
ログ読み込みで正規表現も無駄無駄ﾑﾀﾞﾑﾀﾞﾑﾀﾞﾑﾀﾞﾑﾀﾞﾆﾀﾞﾑﾀﾞ！！！
既に置き換えた部分は一時ファイルに保存しておいて加工処理を最小限にするっ！