1. 著作物をまねて作った時点で著作権違反になり得ます。
  絵画に当てはめて言えば解りやすいですが、極めて類似した絵画は著作権違反になります。
  CGIでも同様のことが言えるでしょう。
  ただし、>>928が言うように具体的に現物を作る以前のいわゆるアイディア自体には著作権はないと思われます。
  これは別に特許権等が当てられるでしょう。

2. 偶然に似かよってしまった場合は仕方がありません。
  しかしもしそのCGIの存在を知っていいて真似して作った場合は十分著作権違反です。

3. これは明らかに違反です。
  「一部が凄く斬新」な時点でそのスクリプトは極めて創造性に富むものであるため著作物と認められます。
  これを無断で利用することは著作権法に抵触します。
  プログラムなどでよく言えることですが、人間の目に見える部分(UI)が類似するか否かだけでなく、
  処理の一部分に創造性が認められれば著作物になると考えられます。
  これは本のカバーだけでなく文章が著作物であることと似ていますね。