続き。

// これから追加するEOModel
String path = "*****.eomodeld";

// すでに追加済みのEOModelを取得
EOModel model = EOModelGroup.defaultGroup().modelWithPath("*****.eomodeld");

// そのEOModelを持つEODatabaseを探す
EOObjectStoreCoordinator osc = EOObjectStoreCoordinator.defaultCoordinator();
NSArray stores = osc.cooperatingObjectStores();
Enumeration e = stores.objectEnumerator();
while (e.hasMoreElements()) {
EODatabaseContext dc = (EODatabaseContext)e.nextElement();
EODatabase db = dc.database();
if (db.models().containsObject(model)) {
EODatabase dbForModel = db;

// EODatabaseからEOAdaptorを取得し、新しいEOModelを作成する
EOModel newModel = new EOModel(path);
EOAdaptor adaptor = EOAdaptor.adaptorWithModel(newModel);

// 最後にEOModelをEODatabaseに追加する
dbForModel.addModel(model);
break;
}
}

ここではdeprecatedのpathを使っているから適時URLに変えてください。