えーっと、POSTでアップロードする場合って、
クライアントからサーバ側にファイルを送り終わらないと
処理するスクリプトが動き出さないんだよね。
だからアップロードするファイルサイズが大きいとそれだけhttpのリクエストを受け付ける段階で
サーバのリソースを食ってしまう。これは仕掛け上しょうがない部分。

十数MB以上ぐらいのサイズになるんだったら
FTPやwebDAVなどの使用を検討してみてはいかがでしょう？
ActiveXなどの助けを借りる必要があるけど…。