パーミッションはこのようにしました。xreaではPHPの実行ファイルは604に設定するとあったので
とりあえず拡張子が.phpのものはそうしたのですが、それが間違っていたのでしょうか…
ana/┐ [707]
├ ana.php [604]
├ ana.js [644]
├ ana_write.php　[604]
├ config.php [604]
├ log/ [707]
├ img/ [707]
├ lib/ [707]
├ style/ [707]
│
├ ini/─┐ [707]
│ ├ ana_style.php [604]
│ ├ ana_opt.php [604]
│ ├ ana_pass.php [604]
│ ├ p_no_name.php [604]
│ └ ref_name.php [604]
│
└ class/┐ [707]
├ ana_class.php [604]
├ ana_det.php [604]
├ ana_gra1.php [604]
├ ana_gra2.php [604]
├ ana_name.php [604]
├ ana_set.php [604]
├ ana_year.php [604]
├ ana_marge.php [604]
├ ana_login.php [604]
├ ana_aa.php [604]
└ ana_ini.php [604]