PC初心者板から誘導されました。。

よく、CGIとかで、例えばカウンターを作ったとすると
ログファイルはパーミッションを666とかにすると思うんですが、
これだと、直接そのログファイルをアドレスに指定すれば

中身が丸見えになってしまいますよね？
それだと、カウンターの場合はよくても、パスワードとか公開する気の無い
IPとかを保存しているファイルの場合はまずいとおもうのですが。
パーミッションを600とかにするとCGIでの書き込みはできなくなってしまうし
この場合普通はどうやってファイルを保管するのでしょうか？