system("head -n 100 data.txt|tail -1")が楽かな。(未確認)
正直にやるなら
・怠惰ver. : @data=file("data.txt"); -> $data[99]
・ｾｺｾｺver. : fread() + explode で \n をカウント
・人間に優しいver. : fgetsを100回ループ