つかid,pass判定は、次の感じでいいんじゃないかな。

foreach($file as $value){
 list($id_a,$pass_a) = explode(",",$value);
 if($id == $id_a && $pass == $pass_a){ // id,pass OK
  $a = 1;
 }
}

$a=1 -> id,pass OK
$a=0 -> id,pass NG (元のスクリプトでは0,2の区別の必要が無い)