>>532
↓どうやらパフォーマンスカウンタの権限関係、というのはあたりのようです。
http://www.microsoft.com/japan/msdn/netframework/upgrade/aspnet_account_readme.asp

で、このプログラム、デバッグ時以外はASP.NETから起動することはありませんので、ミューテックスを試してみます。
どうやら動きそうですが、ProcessStartInfo.Argumentsに複数の引数を指定する方法を見つけなくては……。
（文字列として間に空白を挟んで結合してやってもダメでした(T_T)）
これはC#スレで質問したほうがいいでしょうか？

あとはテスト用に、数十秒なかで待機するダミールーチンを仕込めばOKかな？　まぁ、これはWebを漁ればどっかにあるでしょう。
やっと先が見えてきたかな？(T_T)