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有料コンテンツとか、企業の看板になるようなサイト構築ならば
デザイン最優先なので別々に作るのが必須。

そうでないなら、
・　完成期限の緊急度　（分けるとデザイン外注やテストが大変）
・　想定ユーザーの環境の偏り　（居ない人向けに作る必要は薄い）
・　自分にとっての重点　（作る事が大事か、運用後が大事か）
などの観点から、当面どうするか、最終的にどうしていくかを検討すればよし
大事なのは、段階的に完成させていくこと。

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