RewriteBaseは、あなたが、index.phpを置いてあるところを指すように書く
たとえば、/var/www/html直下なら
RewriteBase /var/www/html/
もし、httpd.confでserverRootがちゃんと指定してあるなら
そこからの相対でもいいはず。

RewriteBaseが使えないようなら、

RewriteRule !\.(js|ico|gif|jpg|png|css)$ index.php
このとき、index.phpをフルパスで書く/var/www/html/index.phpとかね