J2EEではServletコンテナやAPサーバに勝手にclasspathを追加しないのが基本。
Tomcatなら環境変数CATALONA_HOMEを通して、common/libまたはcommon/classに必要なJARまたはclassを置く。
そうすればTomcatが起動時に勝手にこいつらにPathを通してくれる。
また、特定のWebアプリケーションからしか参照しないclassであれば、WEB-INF/classesまたはWEB-INF/libに配置してWAR化すること。