ありがとうございます。
大体の方針はわかりました。

ところで、InvokerServletはOffにして、ServletMapping経由で
サーブレットにアクセスさせるなら、classes以下にサーブレットクラスを
配置しなくても動くんでしょうか?これできるならクラスパス設定すれば
解決しますね。あとは、共通領域に置くか、否かという話になりますね。

(ちなみに、Tomcat4.1.12(? 最新を利用)です。)