アプリケーションAのWEB-INF/classes/packageName/ 以下にクラスが
あって、アプリケーションBのServletも、アプリケーションAのクラスと
同じパッケージ下に置きたい場合は、どこに、アプリケーションB用の
サーブレット等のクラスを構築したら良いでしょうか？

やはり、アプリA/WEB-INF/classes/packageName/ 以下に
アプリBのサーブレットを置かなくてはダメなのでしょうか？

ポイントは、アプリBから、現状、アプリAのフォルダに配置してある
共通クラスを利用する必要があるのと、会社のドメインのTLDから
パッケージ名をつけているので、共通化したいです。