赤帽の Apache って suExec 有効じゃなかったっけ。だとすると、

>パーミッションの設定はサイトでの指示通り変更してあります。

これがむしろマズい可能性大。

# いろんな理由であえてデフォルトで有効にしていない suExec を、
# 赤帽はどういう根拠でわざわざ suExec 有効なバイナリを配ってるんだろ。