ちょうど私も似たような状況です。

掲示板を作っているのですが、設定をiniファイルに保存しているので
それを読み出す際、
$iniData = file($iniFileName);
で一気に配列に読み込んでから
for($i = 0; $i < count($iniData); $i++){
　$iniData[$i] = str_replace("\r\n", "\r", $drnArray[$i]);
　$iniData[$i] = str_replace("\r", "\n", $drnArray[$i]);
　$iniData[$i] = str_replace("\n", "", $drnArray[$i]);
}

ってやって改行コードを切ってるんですが、
配列の中に「\」があると「\\」となり、
「表」っていう文字があると「表\」となっちゃいます。

原因すらわからないので、助けてください。