ﾔﾀｰ！！うまくいきました！age。
っていっても多分根本的な解決ではないと思いますけど。
やはり/opt/Apple/Developer/Examples/WebObjects/Source/Adaptors
の中のmake.configを見てくれてないようなので
Apache/Makefileを5.0用のものに置き換えて
その中に直接apxsのパスを定義するとコンパイルが通り
mod_WebObjects.soが生成されました。
JavaMonitorも起動して登録したｱﾌﾟﾘにも無事ｱｸｾｽできました。
原因はこれからゆっくり調査していきます。