>>625
Attempt to serve directory がログに残るのは，SetHandler を記述すると
DirectoryIndex が効かなくなるためです。よって 404 が返るのだと思われます。
で，cgiを動かしたいディレクトリがどこなのハッキリしませんが，c:/www だとすると，
<Directory "c:/www">
Options -Indexes FollowSymLinks +ExecCGI
AllowOverride None
Order allow,deny
Allow from all
SetHandler perl-script
PerlResponseHandler ModPerl::Registry
PerlOptions +ParseHeaders
</Directory>
とりあえずオマケで付いてくる printenv.pl を置いてみて，確認しましょう。
但しこれですと htmlファイルとかも mod_perl の餌食になりますので，
SetHandler以下3行をFilesMatchなんかで括って，拡張子 cgi だけ
mod_perlで動くようにするすると幸せになれるのでは？