/usr/binか/usr/local/binにインストールした方が勝手がいいでしょう。
古いPerlが/usr/bin/perlだったら

cd /usr/bin
rename perl perl5.6.0 perl
ln -s /opt/perl/bin/perl

これで/usr/bin/perlに/opt/perl/bin/perlへのシンボリックリンクが作られる。
古いPerlは
perl5.6.0 で呼び出せる。