私のところでもcookieが異常な現象でてるよ。
しかも消えるだけじゃなく、たまに他人のHNやメールアドレスが
入っていることもあった。それだけならまだ良いけど
削除キーまで漏れる状況になったのでBBSの設置やめたよ。
枯れたスクリプト使ってるので単純なバグの可能性はちょっと考えにくい。

1ヶ月くらい前の鯖メンテ以降おかしくなった気がする。
他の人も言ってるけど十中八九キャッシュの問題だと思われ。
ちなみに鯖はdx。私はこれを機に解約することにしたよ。RubyやPHPも使いたいし。