web24.jp ホスティングサービスにメールしました。
その返答です。

まず、マルチドメインの件ですが、弊社の場合ドキュメントルートを別途作
成いたしますので、まったく別のサイトとして利用できます。

ただし、FTPのアカウントに関しましては、共通のものを利用することとなり
ます。こちらはサブドメインに関しましても同様です。

メインドメイン：http://www.example.jp/
追加ドメイン　：http://www.example.com/

メインドメインのドキュメントルート
/home/FTPアカウント/public_html/

追加ドメインのドキュメントルート
/home/FTPアカウント/public_html/追加ドメインディレクトリ/

※つまり「http://www.example.jp/追加ドメインディレクトリ/」でも追加
ドメインのコンテンツが表示されます。

※お客様のご要望により、まったく同じドキュメントルートを指定し、ひ
とつのサイトとして設定することも可能です。

基本的に弊社サービスは、ご契約者以外の第三者がサービスを利用すること
を禁止しておりますので、FTPアカウントを複数用意するという概念がござい
ません。何卒ご了承ください。