一応検索系はOKの筈。

でも、NAMAZUはインデックス作成時に負荷が掛かるので、
ローカルにてインデックスを作成しアップすれば負荷は少ないですよ。
サイトの検索は、pnamazuで代用できるし。

http://www01.tcp-ip.or.jp/~furukawa/pnamazu/
http://village.infoweb.ne.jp/~fwnk1502/data/howto2.htm

更新頻度が早いとインデックスのアップロードが面倒だけどね。

他のサイト内検索を置く場合の負荷については知らない。
CGIスクリプト系だと禁止されていないので多分大丈夫だと思う。

気になるのならば、FASに問い合わせた方が確実。