シャンク等の構造によって剛性が高められている靴は母指球等、足の裏を傷めにくいよ
指先については靴の形状との相性も有るので一概にそうだとは言えないが

>>460は「靴の大きさはちょうどいい」としているので、それを信じるのであれば
他の方が言われているようにインソールを替えてみるか、靴紐の締め付けを強めてみるか、それくらいじゃないだろうか

あと靴は当然だが、靴下がフィットしてないと摩擦で痛くなったりマメができる原因にもなる

他にも、ワイズや甲の高さは本当に合ってるの？とかね、疑い出したらキリが無いけど