上の方にも書きましたが、撮影に関しては問題ありません。
ただし、ヲチの方にはマトリックスオフのガイドラインというものがありますから
それは守ってもらうと思います。（例えばスミス以外の人は目線を入れるとか・・・）
もちろんヲチする人も御苑に入らなければいけませんが。

入り口に関しては新宿口ではなく千駄ヶ谷から行けばすぐです。
代々木側からでも、四谷からでも人が少ないルートがあるかと。
ただ、南口から御苑までのルートは最初以外はあまり人がいませんよ。
少なくとも晴れの台場よりは少ないです。

新宿での集合場所は南口はありえないと思っています。
かなり混雑していますから。ただ新南口の奥や長距離バス乗り場は人が少ないです。