あまりにもまとまりがないのでひとつ提案。
やはり私も中心となる本部が必要かと思います。
ただし、今まで皆さんが言ってる「本部」とは
役割が少々異なります。

その役割とは、追跡者と2ch掲示板の間に入る情報収集・配信係です。
追跡の指揮は執りません。
（その理由は、余程の人間でないと指揮が難しいし、
　２ﾁｬﾝﾈﾗの多くは自由に追跡するほうが好きであろうからです。）

追跡者はあらかじめ本部に登録し、連絡用BBSｱﾄﾞﾚｽ・メアドをもらう。
必要なのはそれだけで、当日の追跡に関しては自由にやる。

具体的な流れとしては、追跡者がヲチし花子の現在地を
専用ｂｂｓ・メールなどで情報本部に連絡。
本部は情報をまとめて応援ＨＰ管理者に情報配信、
それと同時に２ｃｈ各スレに「本部発表」を投下。
これを一定間隔（15分おきくらい）で繰り返す。
たとえ新たな情報がなくてもその旨発表。
また、追跡者がだれもいなくなりそうなら
その区間を公表して追跡者を募る。

この案の利点。
・情報を一箇所に集めることにより情報の錯綜を防ぐ。
・応援HP管理者の情報収集負担をなくせる。
・当日負荷により2chへのｶｷｺが困難になった場合、
　追跡者が直接カキコする負担を軽減。
・2chが負荷で読めなくなった場合でも、応援HPに
　情報を配信することで最低限の情報はﾁｬﾝﾈﾗに伝わる。
・ネット上に本部を設けられるため、全国各地から
　本部要員を募集できる。
・現在問題となっている、本部指揮案と自由追跡案の折衷。

こんなカンジでいかがでしょうか。
粗探しはやめてね。