内部的な問題だと対処は難しそうだね
セーブデータのロードタイミングで発生するか否かが変わるってことはメモリ絡みなんだろうか

プロジェクトを作り直す対処法でうまく行かなかったら
イベントによる乗降を避けるか、プレイヤーに「バグるから気をつけて」ってぶっちゃけちゃうかかなぁ

コマンド「乗り物の乗降」で乗せたい理由がイベントシーンで飛行船を使いたいってだけだとしたら、
乗り物としての飛行船を使わず、イベントで飛行船を表現しちゃったほうがいいかも