v3はメジャーアップデートであり、v2.xと比べて変更点が非常に多いバージョンとなっています。
そのためにv2.xで設定したことが上手く引き継げないといったことが起こる場合があります。
特にDNS関連については2019/3/24現在、その設定が狂うというバグがあるとのことです。
アプリ広告が消えなくなったのはそのためです。
それを防ぐために、アプリから更新するのではなく、以下の方法でアップデートするようにしてください。
既にアップデートをしていて、バグが発生している場合にも同様の手順で再インストールしてください。

HTTPSフィルタリングをオンにしている場合は証明書を削除する
設定>アプリ>AdGuard>アプリ情報>ストレージから端末上のAdGuardのデータを削除
アンインストール
端末を再起動させる
公式サイトからアプリ（apkファイル）をダウンロード
インストール
再設定を行う