makefileの、installの所を、見れば？

/usr/localにインストールされたマシンは、逆じゃないの？
>PREFIX = $(SITEPREFIX)
>SITEPREFIX = /usr/local

SITEPREFIX = /usr/local
PREFIX = $(SITEPREFIX)

インストールdir = $(PREFIX)/lib64/perl5

/root/perl5にインストールされたマシンは
INSTALL_BASE = /root/perl5
PREFIX = $(INSTALL_BASE)

インストールdir = $(PREFIX)/lib/perl5/x86_64-linux-thread-multi

とにかく、$(PREFIX)という変数に、パスをつなげている箇所を見れば？