> 1．公開用サーバーにphpMyAdminがあると、外部からのアクセスされて、DBを不正操作される恐れがある。

公開用サーバで毎日phpMyAdminを使うようなことってあるの？

> 2．phpMyAdminはPHP言語で動作しているため、処理が遅くなり、
> 大量データのインポート・エクスポート処理を行うとサーバーへの負荷になる。

公開用サーバで四六時中インポート、エクスポートするの？
仕事でIT系やってるけどバックアップするならサービスは止める
実際はBusiness Copyとか使っててサービスとメタとにDBも止めて静止点取って
すぐサービスは戻したりするけど