俺は/home/hoge/Desktop/
に以下の内容でJD.desktopってファイルを作って
ーーーここからーーー
[Desktop Entry]
Version=1.0
Type=Application
Name=JD.2ch
Comment=JD
Exec=/home/hoge/2chproxy.pl/jd.sh
Icon=jd
Path=
Terminal=false
StartupNotify=false

ーーーここまでーーー

chmod +x /home/hoge/Desktop/JD.desktop

これでディスクトップにJDってアイコンができるからそこから起動させてる