>アプリ一覧にそのソフトが載ってない状態
tarから手動で入れてmake installした？こういう手動アプリは登録されない場合があるから~/.localに自分で.desktopファイル
作成するなりすればいい
そうすればubuntu tweakなりmimeエディターなりバイナリーエディターなりで拡張子を登録できるはず
余計な周り道をしているだけな気がするよ（sudo chmodからrootとは関係ないし余計なことをするだけだと思う）