自己解決したのでカキコ。
~/.config/caja/scripts/
にシェルファイル置いたら右クリックメニューに追加された。

ただ、端末画面が立ち上がらないので、
端末画面を立ち上げる処理と処理後画面が閉じない処理も追記。
スクリプトはこんな感じになりました。

mate-terminal -e "sh -c '本来したい命令記述＿ $1にファイルフルパス入ってます＿';exec bash'"