インストールする時に/homeのパーティーションだけ分けておいて運用しておけばかなり楽

トラブって後からクリーンインストールしたい時に/homeだけ既存のパーティーションを指定(もちろんフォーマットはしない)
/home以外はフォーマットする(クリーンインストールだからね)

すると、クリーンインストール後もGNOMEのパネルやデスクトップ環境がまったくそのまま生きる
当然ブラウザの設定やメール等もちゃんと残ってるのは当たり前

日頃からインスコされてるパッケージリストを出力しておけばクリーンインストール後に
それを読ませるだけでほぼ今の状態が復帰する
PPA等を使ってる人は読ませる前にレポジトリを登録を忘れずに