ubuntuのバージョンが何かわからないけど、
カーネルのバージョンアップが頻繁なデスクトップ版なら、
nativeは止めておいたほうが良いと思う。もし、ユーザのホームを
ZFSに置いたら、カーネルバージョンアップ、再起動、ホームが
見えずにログイン不可、復旧モードで回復という事になりめんどくさい。

オレはCentOSで使っているが、同じカーネルの仮想PCを使って、
nativeのRPMパッケージを作り、動作確認してから本番のカーネルに
あてている。

オレもｆｕｓｅで試して速度に不満があったので、nativeにしたのだが、
fuseの時と、nativeの性能差はあまり感じない。ベンチマークはたしかに
違ったが、動かしているマシンや、CentOS上で動かしているアプリが
大したものじゃ無いので、今となってはどちらでも良かったかなぁと
思っている。