別に停止してもええですやん
その端末一台で集計のみを行う目的なら、ダウンタイム考慮する必要ないですし

で、関係データベース的なことをVBマクロでやろうとすると、当然重くなるよ
そこはロジックを書くんではなくて、vlookupとかの条件抽出で別シートを作るようにすれば
かなりマシになる

問題があるとしたらマスタ管理
これはデータの点数が増えると本当にどうしようもない気がするけど
小規模と言っているので、まあ間に合うと信じよう