Geanyでも同様の現象が起こりました。
みなさんも試してみてください。
gedit、またはGeanyで、日本語入力をONにしたまま
別のアプリを起動するだけです。
エディタに戻ってみると、日本語入力が出来なくなっています。
別のウィンドウ、例えば今起動したアプリに移って、
それからまたエディタに戻れば直ります。

leafpadではこの症状は起こりませんでした。