Mint 12 RCのMATEでnautilusではなくcajaを強制する
1.nautilusとcajaのパスを確認
　$ which nautilus
　/usr/bin/nautilus
　$ which caja
　/usr/bin/caja
2.パスの参照順序を確認
　$ echo path
　/usr/lib/lightdm/lightdm:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games
3./usr/sbinよりも先に参照される/usr/local/binにシンボリックリンクを作成
　$ sudo ln -s /usr/bin/caja /usr/local/bin/nautilus

これやるとGNOMEセッションでもnautilusの代わりにcajaが起動するので注意
PATHで$HOME/binを最初に参照するように設定した上で、$DESKTOP_SESSIONをチェックして
リンクを~/binに作るスクリプトを自動起動に登録するのが正解かも