解決したんですが一応報告しておきます。
2ch全体の鯖落ちなのを知らず板一覧の更新をしたところもちろん繋がりませんでした。
JDを終了して再起動したところ一瞬画面が出るんですが、すぐに閉じます。
何度やっても起動できないのでいろいろ試行錯誤したところ
board.xmlが0byteになってました。
他のパソコンに入ってるJDの中からboard.xmlをコピーして貼り付けたところ
無事起動できました。
ubuntu8.10 JD 2.3.0です。
バージョンがちょっと古いのでこんなことが起きたのかもしれませんが
一応報告しておきます。