JD使用中にubuntu自体が無反応になってしまい、再起動。
再起動後にJDを確認したところ、お気に入りの更新マークが
消えない現象に見舞われました。

bookmark.xmlを開いて"thread_update"となっているところを
"thread"に書き換えたら直ったけど。

bookmark.xmlはJD終了処理時に更新されるのでしょうかね。
更新マークの一括取り消しができるといいなぁ、と思いました。