>>548
基本は後者でいい。
後者がない環境では前者で。

前者は Apache 開発元が作った汎用のスクリプト。
後者はディストリ側のパッケージメンテナがそのディストリ向けに作ったスクリプト。
OS 起動時に直接実行されるのは後者。
後者は Apache 以外のサーバでも共通。