ntpdateだけだとシステムクロックは合わせられるけれど,
ハードウェア…RTCの時間は変わらないから,
再起動した時の最初の時刻がずれるよ.

RTCを日本のローカルタイムに設定することと,
タイムゾーンをアメリカ(西海岸?)から日本に変えること
が必要じゃないかな?