USBにインストールしてもマルチブートをした事になるのですか？
USBにインストールするのだから、USBを指してない時はubuntuが起動しないようになるだけではないのですか？
本体にもubuntuの情報が保存されてしまうのでしょうか？
ところで、WindowsVistaUltimate32bitでもインストール可能ですか？