2年ほど前、ubuntuをwinXPと別パーティションにインスコしてデュアルブートにしたのですが、
ubuntuインスコ後の初回再起動時にディスクのチェックが始まり、XPのシステム、データパーティションを破壊されました。
ファイルネーム変更され、しかも変な名前になってそれをubuntuからもXPからも削除できないという最悪の状況でした。
泣く泣くXP関連のパーティションをフォーマットして復活させましたが・・・・
その後、どうやらFSTABの中で全ディスクをチェックし、修正するように設定されていて、インスコ直後（再起動前）にそこを修正する必要があったことがわかりました。

それからはLinuxとは遠ざかっていて、久々にやってみようかなと思っているのですが、今のバージョンでは上記問題は解決されているのでしょうか？
以前と同様なら（FSTABをどう修正するべきなのか忘れた）、他のディストリにしときます。