Ubuntuをインスコしたてで、nvidia配布のドライバって入れられたっけ?
俺は
sudo aptitude install build-essential linux-source linux-headers-`uname -r` xserver-xorg-dev
する。

ダウンロードした.runファイルは、自分のhomeディレクトリに入れてやる。
デスクトップでもいいかもしれんけどな。

ctrl+alt+F2で真っ黒画面に移って、

sudo /etc/init.d/gdm stop

そんで、cdで.runファイルのあるディレクトリに移動

sudo sh ./NVIDIA-Linux-x86-hogehoge-pkg1.run

であとは流れのままに・・・。