プライマリパーティションではなく拡張パーティション内にインストールしたら問題がありますか?
※Wubiではなくフルインストール状況で※

【WindowsXPプレインストールのメーカー製ノートPC (HDD一台構成)】
1_(プライマリ_NTFS)_システム
2_(プライマリ_FAT32)_リカバリ領域
3_(プライマリ_NTFS)_データ保存用
4_(拡張)_5_(プライマリ_ext3)_Ubuntu用
4_(拡張)_6_(swap)_スワップ用

現在上記構成で特に不具合は感じていませんが、初めてLinuxを扱っているので単に気付いてないだけかも?
Windowsでは拡張パーティションでOSを扱えないので不安になり質問しました。