とりあえずSynapticパッケージマネージャーにOSはGNOMEだけなのにKDE用のものが普通に載ってるのとかやめたら?そう言うところで既にユーザーはイライラするだけだと思う。
ってかGUIソフトはウィンドウマネージャー別に分けたリストを作ったほうがよろしいいかと。