>軽いといわれるPuppyとかは何か特殊なんですか？
特殊だよ
DSLなんてもっと特殊だよ

>Ubuntuにはaptで外せない何か重いものがあるのかな？
あるよ
というか削ってしまえるならUbuntuである必要は無いし
少メモリが目的ならUbuntuは明らかに不向きなディストロだよ

>2.6カーネル自体が重いのかな？
重いよ
2.0や2.2の頃と比べたら、カーネルだけでフットプリントは数倍になっているよ