ありがとうございます。同じようなメッセージが出ます：
# hwclock
select() to /dev/rtc to wait for clock tick timed out

けれども、HWCLOCKPARS=--directisa を記述しても
やはり +9Hの誤差が出るので、状況が違うようです。
残念ながら、こちらの ThinkPad R61e では直りませんでした。